Johannes Müller wechselte nach kurzem Physikstudium in die Regie-Klasse der Hochschule für Musik "Hanns Eisler" Berlin. Während des Studiums inszenierte er für die K.O.-Projekte der Komischen Oper Berlin, die Volksbühne Berlin, für das Ballhaus Ost (Frauenliebe, Inc.) und für Oper Dynamo West (Der Teufel in Frau Jones).
Als Oper Dynamo West-Gründungsmitglied war er beteiligt an den Gruppenproduktionen FORT_FÜHRUNG (Bahnhof Zoo), vom schweben (Deutsche Oper Berlin), Cairo! Shanghai! Bombay! am Zentralen Omnibusbahnhof Berlin, Telemondial, dem Jugendprojekt Stürmt den Pallast! und Kunst-Axt, einem Film für das Festival "Okkupationen" in Zürich und Berlin. Sein Vortrag Versuche zur Überwindung der Schwerkraft (T.D.) wurde eingeladen zum Festival "Wunder der Prärie" in Mannheim und an die Bayerische Staatsoper München.
2010 inszenierte er Cheap Blood (199) für die Sophiensæle Berlin, das Geheimdienst-Projekt Intrigo Internazionale KV 492 für die Bayerische Staatsoper München/Radialsystem V Berlin und Telemondial für Oper Dynamo West. Es folgten One Day More/Extravaganza, Opération Spirituelle [RPM 45] und Herculanum ebenfalls für die Sophiensæle Berlin. 2014 war er beteiligt an Retrospectre von Phantom/Ghost und Cosima von Bonin im Haus der Berliner Festspiele / Kampnagel Hamburg. 2015 erarbeitet er gemeinsam mit Philine Rinnert Another Monster (Reading Salomé) in Berlin, Hamburg und Freiburg.